За да се постигне ова, филтерот треба да содржи филтер-материјали како што се кршени каменчиња лава или сунгер и со тоа да се пополнат корпите од филтерот. Со овие материјали бактериите добиваат голема површина за нивно населување, а со тоа и високо ниво на колонизација. Овие филтер-материјали во зависност од густината на риби и загадување, треба само ретко да се одмиваат. Важно е кога ќе ги одмивате тоа да го правите многу нежно со млака вода, по можност дури и во аквариумската вода, на пример кога се менува водата во аквариумот, а со цел што повеќе бактериски колонии да останат во филтер-материјалот со што ќе се задржи ефикасноста на филтерот.
Последно, но не и најмалку важно е тоа што филтерот обезбедува и циркулација на водата и движење (бранување) на површината на водата за доволно снабдување на аквариумот со кислород. Кислородот се користи и од рибите да дишат, како и од страна на бактериите за деградација на сите загадувачи. Аквариум со источноафрикански циклиди бара особено ефективна филтрација поради силниот метаболизам на животните и честото густо порибување.
Покажана корисна комбинацијата е комбинацијата од биолошки оперативен филтер (надворешен) и брз филтер за генерирање на протокот и против груба нечистотија (внатрешен).Филтерот, треба да има таков капацитет да може 2-3 пати водата од аквариумот да проциркулира низ него за еден час. Волуменот на филтерот односно количината на филтер-материјали треба да е според правилото „колку повеќе – толку подобро”. Ефективен биофилтер треба да сочинува околу 10% од обемот на аквариумот.